1991 yılında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nde, yüksek lisans eğitimini ise 1993 yılında Marmara Üniversitesi İşletme Yönetimi (MBA) Bölümü’nde tamamladı. Kariyerine 1991 yılında Haydarpaşa Numune Hastanesi’nde Doktor olarak başlayan Fadıllıoğlu, 1996 yılında Abbott Türkiye’ye Pazarlama Yönetici Adayı olarak katıldı ve birçok farklı yöneticilik görevi üstlendi. 2008-2012 yılları arasında Abbott Türkiye Genel Müdürü olarak çalışan Fadıllıoğlu, 2012- 2017 yılları arasında GlaxoSmithKline (GSK) Türkiye Başkan Yardımcısı ve Genel Müdürü olarak görev yaptı. Ardından GSK’da Gelişmekte olan Merkez Ülkeler Bölgesi Başkan Yardımcısı olarak çalışan Emin Fadıllıoğlu, 2021 yılından bu yana Eczacıbaşı İlaç Sınai ve Finansal Yatırımlar bünyesinde CEO’luk görevini üstleniyor. Fadıllıoğlu son 1 yıldır ayrıca Eczacıbaşı Topluluğu’nun yeni üyesi ve dijital sağlık ekosistemi Eczacıbaşı Evital’in de Başkanlığını yürütüyor.